Ngày nay, các hóa thạch thường được coi là của loài A. lithographica, nhưng lịch sử phân loại khá phức tạp. Hàng chục tên gọi khoa học đã được công bố cho một ít các mẫu vật, phần lớn trong chúng đơn giản chỉ là lỗi do cách phát âm (lapsus). Ban đầu, tên gọi A. lithographica chỉ là để nói tới một chiếc lông vũ do von Meyer miêu tả. Năm 1960, Swinton đề nghị rằng tên gọi Archaeopteryx lithographica cần được chuyển chính thức từ chiếc lông vũ sang cho mẫu vật tại London.[22] ICZN đã loại bỏ tình trạng thừa thãi các tên gọi thay thế khác mà ban đầu được đề nghị cho các mẫu vật đầu tiên còn bộ xương,[23], trong đó chủ yếu là kết quả tạo ra từ tranh luận gay gắt giữa von Meyer và đối thủ của ông là Johann Andreas Wagner (mà Griphosaurus problematicus—"Thằn lằn-bí ẩn có vấn đề" của ông là sự chế nhạo cay độc đối với Archaeopteryx của von Meyer).[24] Ngoài ra, miêu tả về các hóa thạch Archaeopteryx như là thằn lằn có cánh (Pterosauria) trước khi bản chất tự nhiên thật sự của chúng được công nhận cũng bị loại bỏ.[25]

Mối quan hệ giữa các mẫu vật cũng có vấn đề. Phần lớn các mẫu vật sau đó đã được đặt tên loài riêng của chính chúng theo quan điểm này hay quan điểm khác. Mẫu vật tại Berlin được gọi là Archaeornis siemensii, mẫu vật tại Eichstätt là Jurapteryx recurva, mẫu vật tại Munich là Archaeopteryx bavarica còn mẫu vật tại Solnhofen là Wellnhoferia grandis.

Gần đây, người ta cho rằng tất cả các mẫu vật này đều thuộc về một loài.[26] Tuy nhiên, các khác biệt đáng kể vẫn tồn tại giữa các mẫu vật. Cụ thể, các mẫu vật tại Munich, Eichstätt, Solnhofen và Thermopolis khác với các mẫu vật tại London, Berlin và Haarlem ở chỗ là hoặc là nhỏ hơn hoặc là lớn hơn nhiều, với các tỷ lệ ngón khác biệt, các mỏ mảnh dẻ hơn, các hàng răng chĩa về phía trước và khả năng tồn tại của xương ức. Các khác biệt này là lớn bằng hoặc lớn hơn các khác biệt mà ngày nay người ta thấy ở chim trưởng thành của các loài khác nhau. Tuy nhiên, cũng có thể là các khác biệt này được giải thích là do niên đại khác nhau của các loài chim còn sinh tồn.

Cuối cùng, cần lưu ý rằng chiếc lông, mẫu vật đầu tiên của Archaeopteryx đã miêu tả, không trùng khớp hoàn toàn với những chiếc lông liên quan tới bay lượn của Archaeopteryx. Nó dĩ nhiên là lông của loài đương thời, nhưng kích thước và các tỷ lệ của nó chỉ ra rằng nó có thể thuộc về một loài khủng long có lông vũ vẫn chưa được khám phá ra. Do chiếc lông này là mẫu vật điển hình ban đầu, điều này đã tạo ra một vài sự lộn xộn danh pháp.

Phía dưới là phát sinh loài năm 2013 của Godefroit et al.[27]

Danh pháp đồng nghĩa

• Archaeopteryx lithographica Meyer, 1861
  • Pterodactylus crassipes Meyer, 1857 [suppressed in favor of A. lithographica 1977 per ICZN Opinion 1070]
  • Rhamphorhynchus crassipes (Meyer, 1857) (as Pterodactylus (Rhamphorhynchus) crassipes) [suppressed in favor of A. lithographica 1977 per ICZN Opinion 1070]
  • Scaphognathus crassipes (Meyer, 1857) Wagner, 1861 [rejected in favor of A. lithographica 1977 per ICZN Opinion 1070]
  • Archaeopterix lithographica Anon., 1861 [lapsus]
  • Griphosaurus problematicus Wagner, 1862 [rejected name 1961 per ICZN Opinion 607]
  • Griphornis longicaudatus Woodward, 1862 [rejected name 1961 per ICZN Opinion 607]
  • Griphosaurus longicaudatum (Woodward, 1862) [lapsus]
  • Griphosaurus longicaudatus (Owen, 1862) [rejected name 1961 per ICZN Opinion 607]
  • Archaeopteryx macrura Owen, 1862 [rejected name 1961 per ICZN Opinion 607]
  • Archaeopterix macrura Owen, 1862 [lapsus]
  • Archaeopterix macrurus Egerton, 1862 [lapsus]
  • Archeopteryx macrurus Owen, 1863 [unjustified emendation]
  • Archaeopteryx macroura Vogt, 1879 [lapsus]
  • Archaeopteryx oweni Petronievics, 1917 [rejected name 1961 per ICZN Opinion 607]
  • Archeopteryx macrura Ostrom, 1970 [lapsus]
  • Archaeopteryx crassipes (Meyer, 1857) Ostrom, 1972 [rejected in favor of A. lithographica 1977 per ICZN Opinion 1070]
  • Gryphornis longicaudatus Lambrecht, 1933 [lapsus]
  • Gryphosaurus problematicus Lambrecht, 1933 [lapsus]
  • Archaeopteryx macrourus Owen, 1862 fide Lambrecht, 1933 [lapsus]
  • Archaeopterix lithographica di Gregorio, 1984 [lapsus]
  • Archaeopteryx recurva Howgate, 1984
  • Jurapteryx recurva (Howgate, 1984) Howgate, 1985
• Archaeopteryx siemensii Dames, 1897
  • Archaeopteryx siemensi Dames, 1897 [lapsus]
  • Archaeornis siemensii (Dames, 1897) Petronievics, 1917[28]
  • Archaeornis siemensi (Dames, 1897) fide Lambrecht, 1933? [lapsus]
  • Archaeopteryx bavarica Wellnhofer, 1993
  • Wellnhoferia grandis Elżanowski, 2001

"Archaeopteryx" vicensensis (Anon. fide Lambrecht, 1933) là nomen nudum của một loài thằn lằn có cánh không được mô tả.